Pochi giorni fa abbiamo raccontato come il supercomputer di Eni, Hpc5, stia contribuendo alla ricerca di soluzioni per limitare l’impatto del Covid-19. Questo potentissimo calcolatore, l’ottavo al mondo per capacità di calcolo, ha già simulato 71,6 miliardi di molecole sui 15 siti attivi di interazione del virus per un totale di 1074 miliardi di interazioni, il tutto in sole 60 ore, nell’ambito del progetto Exscalate4Cov, supportato dalla Commissione Europea. Un traguardo importante per la ricerca in questo ambito, in particolare se si considera che la simulazione italiana è più’ di 300 volte più’ grande e 500 volte più veloce di quella realizzata negli stati USA a giugno di quest’anno.
I dati ricavati dalla simulazione saranno elaborati con la piattaforma Sas Viya utilizzando tecniche di intelligenza artificiale e advanced analytics. I risultati saranno disponibili sul portale mediate.exscalate4cov.eu, realizzato in collaborazione con Sas per consentire agli scienziati di tutto il mondo di poter effettuare simulazioni in proprio, beneficiando delle conoscenze “stato dell’arte”. I gruppi di ricerca del mondo possono utilizzare i modelli delle proteine del virus e le librerie chimiche per generare nuove predizioni utilizzando diversi approcci di intelligenza artificiale e di simulazioni di meccanica molecolare. Il consorzio metterà a disposizione dei gruppi di lavoro interessati 10 milioni di ore di calcolo dedicati e l’infrastruttura tecnologica necessaria. Mediate- MolEcular DockIng AT home – darà libero accesso alla più ampia base di dati oggi a disposizione sul virus Sars-CoV-2 sia dal punto di vista strutturale (strutture tridimensionali) sia funzionale (proteine che interagiscono con le cellule umane), comprensiva di tutta la dinamica molecolare che interviene nell’interazione cellulare e i siti attivi per il potenziale ingresso di farmaci.
A tale proposito la banca molecolare di Mediate è stata generata tenendo conto delle principali classi di molecole, che sono state selezionate per permettere uno sviluppo clinico accelerato. La libreria contiene infatti: 10 mila farmaci, 400 mila prodotti naturali, 70 mila nutraceutici, 100 milioni di oligopeptidi, 5 milioni di molecole già in commercio a fini di ricerca, e 72 miliardi di molecole de novo facilmente sintetizzabili. Il portale Mediate collezionerà le predizioni fatte dai gruppi di ricerca di tutto il mondo (crowdsourcing) e le combinerà in un unico modello sfruttando le reti neurali e l’intelligenza artificiale messe a disposizione da Sas con lo scopo di identificare nuovi e più efficaci trattamenti contro Covid-19, nel più breve tempo possibile.
Il progetto Mediate può contare su di un board scientifico (coordinato dal partner del progetto Chelonia Applied Science) di altissimo livello a partire dal premio Nobel per la chimica computazionale Prof. Arieh Warshel, da Rossen Apostolov direttore esecutivo di BioExcel, centro di eccellenza europeo per la ricerca computazionale biomolecolare, Igor Tetko del Helmholtz Zentrum München ed il Prof. Yang Ye dello Shanghai Institute of Materia Medica.
